Las proteínas de la leche de vaca pueden provocar diversas manifestaciones sintomáticas. Puede haber sensibilización tras un insulto intestinal de poca importancia que se perpetúa por una Intolerancia Secundaria a los Disacáridos. La Diarrea es una característica constante en este padecimiento y puede acompañarse de Vómito. La leche puede contener múltiples sustancias protéicas además de hormonas y antibióticos, pero la más antigénica es la beta-lactoglobulina pudiendo provocar Colitis inducida por esta leche, Yeyunítis Crónica, capaz de provocar a una Enteropatía con pérdida proteica y hemorragia crónica.
La lesión crónica de la mucosa puede dar también lugar a un Síndrome de Malabsorción de Lactosa y Grasa. El Síndrome de Heiner (deficiencia de Hierro, Anemia, Hemosiderosis Pulmonar e Intolerancia a la proteína de la leche de vaca) se ha atribuido a esta. La Colitis infantil puede también ser provocada por este alimento. Por otra parte, las manifestaciones dermatológicas son frecuentes: Uriticaria, Angioedema y sobre todo Dermatítis Atópica. A nivel respiratorio puede existir Asma.